晩腐病はナス科植物に特に多く発生するため、特に湿度の高い気候では、トマトからこの菌を完全に排除することは困難です。しかし、初心者でもその蔓延と被害を抑えることは可能です。
土壌消毒
土壌には、硫酸銅の薄め溶液、または過酢酸溶液（9％の酢1リットルに過酸化水素200mlを混ぜ、暖かい場所に1週間放置したもの）を散布する。
消毒は春、トマトの植え付けの2～3週間前に行われます。
消毒後1週間経てば、土壌にトリコデルマ菌を植えることができます。
温室処理
温室の表面を消毒するには、刺激の強い製品の使用はお勧めしません。塩素系漂白剤以外の漂白剤溶液が効果的です。説明書に従って希釈し、温室の表面に噴霧してください。ただし、気温が5℃（41°F）以下の場合は使用しないでください。残った溶液は布で拭き取ってください。
換気
夜間の気温が摂氏12度を下回らない場合は、結露や湿気の過剰発生を防ぐため、温室は開け放しておくべきです。気温が低い場合は、窓だけを開けておくことができます。最も重要なのは、植物に有害な隙間風を避けることです。
水やり
水やりは午前中に行い、土壌が濡れる面積を最小限に抑えるようにしましょう。そのためには、点滴灌漑システムを使うと良いでしょう。点滴灌漑システムは、例えばペットボトルなどを使って比較的簡単に自作できます。
マルチング
マルチング材（おがくず、被覆材、芝刈りくずなど）は、土壌中の細菌が植物に到達するのを防ぐために使用されます。土壌が完全に温まるまでは、マルチング材を敷かないことが重要です。
処理
その地域の湿度が高く、気温は高くなく雨が多い気候条件であれば、晩腐病の発生を完全に避けることは不可能であり、殺菌剤を使用して防除する必要がある。
